Você pode alterar seu loop for de
<?php
for($i=1;$i <= $page;$i++){
?>
<?php
if ($id>1)
{ ?>
<li class="active"><a href="?id=<?php echo $i ?>"><?php echo $i;?></a></li>
<?php }
?>
<!-- <li><a href="?id=<?php echo $i ?>"><?php echo $i;?></a></li> -->
<?php
}
?>
para:
<?php
for($i=1;$i <= $page;$i++){
$class=($i==$id)? ' class="active"' : '';
echo '<li'.$class.'><a href="?id='.$i.'">'.$i.'</a></li>';
}
?>
Se eu entendi seu código corretamente, $page representa o total de páginas e $id representa a página atual, isso definirá o número da página atual como a classe ativa e deixará as outras páginas sem a classe
