Aqui está o analisador Como analisar um arquivo CSV usando PHP em vez de echo, você deve enviar para dados de matriz, que depois de buscar inserir em massa no banco de dados. Além disso, você percorre todos os seus 1000 arquivos. http ://www.php-dev-zone.com/2013/05/how-to-import-csv-file-data-into-mysql.html algo parecido