Existe alguma maneira de enviar uma matriz json para o php do lado do servidor e inserir seus valores em uma tabela?

Você não precisa chamar json_decode() duas vezes. Você já decodificou quando você fez

$decoded = json_decode($json);

então você não precisa usar json_decode($item) ao inserir.

Use o true segundo argumento para json_decode() para que ele crie uma matriz associativa em vez de um objeto para cada item. Então você pode passar esse array para $p->execute() diretamente. Você também precisa usar $decoded['tab'] em vez de $decoded->tab .

<?php

header("Access-Control-Allow-Origin: *");
header("Access-Control-Allow-Credentials: true ");
header('Access-Control-Allow-Methods: GET, PUT, POST, DELETE, OPTIONS');
header("Access-Control-Allow-Headers: X-Custom-Header, Origin, Content- 
Type , Authorisation , X-Requested-With");
header("Content-Type: application/json; charset=UTF-8 ");
$json = file_get_contents('php://input');
$decoded = json_decode($json, true);

$tab = $decoded['tab'];
function conn()
{
    $dbhost = "localhost";
    $user = "root";
    $pass = "";
    $db = "smart";
    $conn = new PDO('mysql:host=localhost;dbname=smart', $user, $pass);
    return $conn;
}
$db = conn();
$db->setAttribute(PDO::ATTR_ERRMODE, PDO::ERRMODE_EXCEPTION);
$p = $db->prepare("INSERT INTO regrouper (refCommande, refProduit, prixP, qteP)
                   VALUES(:refCmd,:refProduit,:prix,qte)");
foreach ($tab as $item) {
    $p->execute($item);
}
echo json_encode(true);