Você precisa adicionar a anotação @JoinColumn(name ="ID Column Name") junto com a anotação @ManyToOne ou @OneToMany como ZaoTaoBao mencionou. Esta anotação determina o nome da coluna que deve ser usada como FK.

Consulte este link para obter mais detalhes:http://docs .oracle.com/javaee/6/api/javax/persistence/JoinColumn.html