Não tenho certeza de como isso funciona realmente, pois não tentei, mas aprendi sobre isso outro dia, então pensei em compartilhar.
Com o GoDaddy, você pode apontar seu nome de domínio principal para um subdiretório, criando assim uma nova raiz de documento antes dele, por assim dizer. Este pode não ser o caso de outros hosts, mas vale a pena verificar.
Por exemplo, crie um novo diretório chamado 'aplicativo' em seu diretório raiz, carregue os arquivos do seu aplicativo para lá e aponte seu domínio principal para lá (pode ser necessário remover o nome de domínio primeiro e depois adicioná-lo novamente com o diretório especificado). Você pode incluir arquivos - suas credenciais de banco de dados, por exemplo - anteriores à sua nova raiz de documento, que agora não está disponível ao público, mas disponível para seu aplicativo.
NOVA ESTRUTURA
Credenciais do banco de dados:
/home/www/html/someSite/dbCredentials.php
Seu site (onde o domínio principal agora é apontado):
/home/www/html/someSite/application/index.php
EXEMPLO:
Em dbCredentials.php adicione suas credenciais:
<?php
$strHostName = “10.10.10.10”;
$strDbName = “dbname”;
$strUserName = “dbuser”;
$strPassword = “xxx***xxx”;
?>
Na sua página da web, inclua o arquivo e use as variáveis normalmente:
<?php
require_once ('/home/www/html/someSite/dbCredentials.php');
$db_found = new PDO("mysql:host=$strHostName..........);
?>
FONTE:
http://support.godaddy.com/help/article/4175/specifying-a-new-default-document-root-on-your-hosting-account?pc_split_value=4&countrysite=uk
Se você experimentar, me conta como ficou.