Não há necessidade de executar jhipster upgrade para uma mudança tão simples.

• Edite seu src/main/resources/config/application-dev.yml para usar o mysql, copie as propriedades da fonte de dados de application-prod.yml mas não defina as propriedades de cache como true. Mesma coisa para testes de unidade em src/test/resources/config/application.yml
• Esvaziar DatabaseConfiguration.java mas mantenha a classe para o @Enable* anotações de classe.
• Editar WebConfigurer.java , SecurityConfiguration.java e navbar.component.html para remover referências ao console H2
• Editar pom.xml ou *.gradle para remover a dependência em h2