Se entendi sua pergunta corretamente, para responder a parte de retornar apenas uma direção, tente a consulta abaixo:
SELECT d1.*
FROM train_schedule d1
INNER JOIN train_schedule d2 ON d2.train_no=d1.train_no
WHERE d1.stn_code = 'JU' and d2.stn_code = 'JP'
AND d1.distance < d2.distance
JU (partida) sempre terá distância menor que JP (chegada).
