O Guia de referência de anotações do Hibernate para 3.5.6-Final (Seção 2.2.3.2.4. Geração de identificador parcial) disse que é possível usar Sequências para uma parte de um id composto.

(Há um exemplo no Docu!)

Mas parteon também está certo:a Referência do Hibernate Guia (seção 8.4. Componentes como identificadores compostos) para a mesma versão disse que não é possível (para xml).

Não sei se há diferença entre anotação e mapeamento XML.

<irony> Começo a gostar cada vez mais de hibernar.</irony>