1. 
   Tenha em mente que o "cliente" da perspectiva do MySQL é o aplicativo que se conecta diretamente a ele. No seu caso, isso é PHP. O fato de que o "cliente" do PHP é o navegador web do usuário é irrelevante - e você quase certamente não quer que seus usuários se conectem diretamente ao servidor MySQL.
   
   Então, você pode usar LOCAL para passar o arquivo do PHP para o MySQL se eles estiverem sendo executados em máquinas diferentes, mas isso seria desnecessário se eles estiverem na mesma máquina e o MySQL tiver acesso para ler de onde o PHP escreveu o arquivo.
   
2. 
   Realmente depende do que você vai fazer com os dados, mas no geral - sim, coloque tudo em uma tabela.
   
3. 
   No LOAD DATA você pode dizer ao MySQL quais colunas no mapa CSV para quais na tabela - você pode fazer algumas suposições com base no conteúdo do arquivo (especialmente se incluir uma linha de cabeçalho) ou com base em uma dica fornecida pelo usuário, por exemplo. de qual software o CSV se originou; ou, se você não conseguir decidir como o CSV é mapeado para a tabela, você pode apresentar uma pequena amostra ao usuário em um navegador e pedir que ele resolva o problema.