Este erro
Invalid resource : java:module/companyDB__pm
significa que seu JNDI não existe em seu servidor, portanto, para resolver seu problema, você deve criar um JNDI em seu servidor GlassFish manualmente com o mesmo nome companyDB
Por exemplo :
Após o login no seu servidor, você verá isso:
Criar pool de conexões JDBC
Preencha as informações e pressione próximo estou usando o PostgresSQL então no seu caso escolha MySQL :
Preencha as informações de conexão e pressione concluir:
Para verificar se sua conexão foi bem sucedida, não pressione ping e verifique:
Agora crie recursos JDBC:
Crie uma nova JNDI especifique o mesmo nome em sua aplicação e escolha o pool que você já criou antes e pressione Finish :
Agora você pode implantar seu aplicativo, espero que isso possa ajudá-lo.