Você pode usar
SET GLOBAL LOG_WARNINGS = 0
para desligar o registro e
SET GLOBAL LOG_WARNINGS = 1
para ligá-lo novamente. Minha sugestão pessoal é envolver a consulta ofensiva com eles, em vez de defini-la globalmente, para que você possa rastrear se outras consultas também causam o problema.
Observe que as versões mais antigas do MySQL não suportam isso.
