Acho que você precisa adicionar --lines-terminated-by='\n' com mysqlimport . Fiz um teste rápido aqui e funcionou.
mysqlimport --local --ignore-lines=1 --fields-terminated-by=',' --lines-terminated-by='\n' db_name table_name.csv
mysqlimport --local --ignore-lines=1 --fields-terminated-by=',' --lines-terminated-by='\n' db_name table_name.csv
