Tente substituir a subconsulta por uma junção:
SELECT *
FROM files f
LEFT OUTER JOIN reades r on r.file_id = f.file_id
WHERE r.file_id IS NULL
Aqui está um link para um artigo sobre esse problema . O escritor desse artigo escreveu um procedimento armazenado para forçar o MySQL a avaliar as subconsultas como independentes. Duvido que seja necessário neste caso.
