É mais provável que a rede esteja desligada, o que significa que o servidor mysql se comunica com os clientes via soquetes UNIX e não via TCP/IP. Você pode verificar isso executando o cliente mysql e executar o comando "status". Se você vir o número da porta lá, então seu servidor mysql se comunica via TCP/IP, ou então você verá algo como "nome do caminho do soquete…", obtenha o nome do caminho e forneça-o aos parâmetros de conexão node.js, por exemplo.

...socketPathname:'/opt/lampp/var/...',...

Confira isso em https://github.com/felixge/node-mysql página (procure por "socketPathname")

Hope, esse é o seu problema.