Tabela de links do Doctrine 2 e muitos para muitos com um campo extra

Uma associação muitos para muitos com valores adicionais não é uma muitos para muitos, mas sim uma nova entidade, pois agora tem um identificador (as duas relações com as entidades conectadas) e valores.

Essa também é a razão pela qual as associações muitos-para-muitos são tão raras:você tende a armazenar propriedades adicionais nelas, como sorting , amount , etc

O que você provavelmente precisa é algo como seguir (eu fiz ambas as relações bidirecionais, considere fazer pelo menos uma delas unidirecional):

Produtos:

namespace Entity;

use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;

/** @ORM\Table(name="product") @ORM\Entity() */
class Product
{
    /** @ORM\Id() @ORM\Column(type="integer") */
    protected $id;

    /** ORM\Column(name="product_name", type="string", length=50, nullable=false) */
    protected $name;

    /** @ORM\OneToMany(targetEntity="Entity\Stock", mappedBy="product") */
    protected $stockProducts;
}

Armazenar:

namespace Entity;

use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;

/** @ORM\Table(name="store") @ORM\Entity() */
class Store
{
    /** @ORM\Id() @ORM\Column(type="integer") */
    protected $id;

    /** ORM\Column(name="store_name", type="string", length=50, nullable=false) */
    protected $name;

    /** @ORM\OneToMany(targetEntity="Entity\Stock", mappedBy="store") */
    protected $stockProducts;
}

Estoque:

namespace Entity;

use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;

/** @ORM\Table(name="stock") @ORM\Entity() */
class Stock
{
    /** ORM\Column(type="integer") */
    protected $amount;

    /** 
     * @ORM\Id()
     * @ORM\ManyToOne(targetEntity="Entity\Store", inversedBy="stockProducts") 
     * @ORM\JoinColumn(name="store_id", referencedColumnName="id", nullable=false) 
     */
    protected $store;

    /** 
     * @ORM\Id()
     * @ORM\ManyToOne(targetEntity="Entity\Product", inversedBy="stockProducts") 
     * @ORM\JoinColumn(name="product_id", referencedColumnName="id", nullable=false) 
     */
    protected $product;
}