Eu estava tendo um problema semelhante agora.

Depois de mais pesquisas, percebi que tinha esquecido de fazer um connection.commit() após a exclusão, ou, como encontrei em outro lugar, você pode simplesmente fazer cursor.execute("set autocommit = 1") antes de fazer qualquer outra operação de dados para tê-los automaticamente confirmados imediatamente, se você não precisar de controle sobre os commits das transações.

Este poderia ter sido o problema com o código do Cmag, embora sem ver mais, seja difícil dizer.