Apenas tentando aqui (não 100% confiante), mas você tentou adicionar as colunas de destino assim:
mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."'
INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ','
OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"'
LINES TERMINATED BY '\n'
(tracking_number,order_id)");
Você tem três colunas em sua tabela e está fornecendo apenas dois dados.