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LOAD DATA LOCAL INFILE Problema MySQL/PHP


Apenas tentando aqui (não 100% confiante), mas você tentou adicionar as colunas de destino assim:
mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."' 
     INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ',' 
     OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"' 
     LINES TERMINATED BY '\n'
     (tracking_number,order_id)");

Você tem três colunas em sua tabela e está fornecendo apenas dois dados.