Veja o exemplo AJAX na documentação do flot .
Essencialmente os passos são:
1.) Extraia do banco de dados.
2.) Coloque os dados na matriz de chave/valor do PHP do formulário:
$dataSet1 = Array();
$dataSet1['label'] = 'Customer 1';
$dataSet1['data'] = Array(Array(1,1),Array(2,2)); // an array of arrays of point pairs
$dataSet2 = Array();
$dataSet2['label'] = 'Customer 2';
$dataSet2['data'] = Array(Array(3,3),Array(4,5)); // an array of arrays of point pairs
$returnArray = Array($dataSet1, $dataSet2);
3.) De volta ao seu javascript, obtenha esta string codificada em json como variável JS:
var data = <?php echo json_encode($arr); ?>;
4.) De volta ao seu javascript, chame o método flot plot com essa variável de dados:
$.plot($("#placeholder"), data, options);