Resposta curta:Claro que pode!
Aqui está como eu fiz isso:
//create the sequelize instance, omitting the database-name arg
const sequelize = new Sequelize("", "<db_user>", "<db_password>", {
dialect: "<dialect>"
});
return sequelize.query("CREATE DATABASE `<database_name>`;").then(data
=> {
// code to run after successful creation.
});
P.S. Onde colocar o código dependeria da sua necessidade. Dentro de um arquivo de migração inicial funcionou para mim.