várias opções aqui...

1) armazene as notas como um inteiro onde cada nota corresponde a um bit. grau 1 =bit 0, grau 2 =bit 1, grau 3 =bit 2 e assim por diante. então as notas 1,2,3 corresponderiam a 0x00000111 (8) e as notas 2,4 seriam 0x00001010 (10) etc; então a consulta se torna uma simples questão de fazer uma comparação AND ... se você quiser todas as linhas onde as notas 2 e 4 são selecionadas (e possivelmente outras), selecione * dos arquivos onde (notas e 10) ==true

2) se houver apenas algumas notas, você pode armazenar cada uma como uma coluna booleana.

3) armazene as notas em uma tabela separada e depois a relação entre notas e arquivos em uma 3ª tabela de junção (já que é uma relação de muitos para muitos).