Mysql
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Substituição de curinga do MySQL


Usando SUBSTRING_INDEX :
UPDATE table1 
   SET column1 = REPLACE(
         column1, 
         SUBSTRING_INDEX(column1, '/', 2),
         'newsite.com' 
       )
 WHERE column1 LIKE 'example.com/%/'

Isso deve respeitar sua estrutura de subpastas.