Mysql
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obtendo três registros em ordem decrescente de cada categoria usando codeigniter


Eu não conheço o code-igniter, mas basicamente você quer que ele faça a união primeiro e depois aplique a ordem por sobre todo o conjunto. Isso exigiria uma subconsulta. Deve resultar na seguinte consulta SQL:
select * from
    ((SELECT * FROM media m INNER JOIN category c ON m.category_id = c.id )
    UNION ALL
    (SELECT * FROM media m INNER JOIN category c ON m.category_id = c.id)) T
ORDER BY m.media_files DESC LIMIT 3

Espero que te ajude um pouco.