Eu proporia que você optasse pela simplicidade de manutenção e escalabilidade (que o RDS aparentemente fornece muito melhor que o MySQL local) sobre o desempenho por enquanto.

Mais tarde, quando você obtiver uma produção insuficiente para o dólar pago pela Amazon, poderá começar a medir com cuidado para encontrar gargalos.

No entanto, se você está acostumado a manter servidores VPS privados bem compactados - o MySQL local pode ser mais simples de manter e você só deve procurar serviços externos muito mais tarde :)