Mysql
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Remova barras na consulta mysql do nó js


Você não deve adicionar as aspas ao redor do ? marcador de posição. Remova eles.

Você também deve passar um array, não uma string. Supondo que seja uma string limpa, você pode simplesmente usar split .
connection.query(
      "delete from userFiles where type = 1 and typeId = " + taskId +
      " and fileName NOT IN (?) ", [oldFileNames.split(/,\s*/)],
      function (err, rows) {