Você tentou #define HAVE_INT8_T (e semelhante, acho que o mesmo acontece para outros tipos) antes de incluir o cabeçalho do MySQL?
Ou seja algo como
...
#define HAVE_INT8_T
#include "MySQL.h"
...
EDIT:Se o MySQL.h incluir algo como um "config.h", que estraga as coisas novamente, você pode tentar incluir diretamente esse config.h, ajustar as definições incorretas e incluir o MySQL.h. Provavelmente haverá um protetor de inclusão ao redor do config.h para evitar que ele seja incluído novamente.
