Eu recomendo fortemente que você use um dos módulos existentes que as pessoas construíram para manipulação de upload de arquivos em várias partes. Upload de arquivo comum é um dos mais populares, sugiro que você dê uma olhada (exemplo de uso aqui ).
Seu código é bastante confuso e você está misturando o trabalho com matrizes de bytes e Strings de uma maneira que certamente criará erros. Este:
int boundaryLocation = file.indexOf(boundary, pos) - 4;
int startPos = ((file.substring(0, pos)).getBytes()).length;
int endPos = ((file.substring(0, boundaryLocation)).getBytes()).length;
...
fileOut.write(dataBytes, startPos, (endPos - startPos));
é particularmente peludo. De qualquer forma, se você insiste em fazer isso sozinho, você deve limpar seu código, não misture o trabalho com Strings e arrays de bytes (lembre-se, um caractere em uma string não é necessariamente apenas um byte). Eu não recomendo, porém, a menos que esta seja uma experiência de aprendizado para você. Nesse caso, eu gastaria algum tempo para tentar encontrar algum código de exemplo na Internet para manipulação de formulários de várias partes.
