Primeiro de tudo você tem que usar classes para seus selects em vez de um id. jQuery retornará apenas um elemento quando você usar um id. Depois disso, a função a seguir converterá todos os valores das seleções que você der como parâmetro em um array.
/**
* Convert select to array with values
*/
function serealizeSelects (select)
{
var array = [];
select.each(function(){ array.push($(this).val()) });
return array;
}
Então:
var course_ids = serealizeSelects($('.course_id'));
Deve, por exemplo, retornar:
[1,3,2]
