Seu problema é mais do que provável que algumas distribuições Linux tenham php.ini diferentes para Apache PHP e PHP-CLI, parece que seu PHP-CLI (que o cake baker usará) não tem as funções mysql_* habilitadas.

Para corrigir, você precisará localizar o php.ini para a CLI do PHP e descomente a linha que inclui a lib mysql_*. deve ser algo como "extensão=mysql.so". Para encontrar a localização do php.ini, execute php -r 'phpinfo();' na linha de comando e role até o topo para ver a localização do php.ini.