Eu enfrentei o mesmo problema. Além de usar estes:
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_CHAR, encoding='utf-8')
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_WCHAR, encoding='utf-8')
cnxn.setencoding(encoding='utf-8')
Adicionar isso resolveu o problema para mim:
cnxn.setdecoding(pyodbc.SQL_WMETADATA, encoding='utf-32le')
