você está perdendo alguns links aqui.
- primeiro os arquivos pdf devem ser armazenados em algum lugar em um servidor.
- o que você armazena no banco de dados são informações relativas ao arquivo pdf, como um link de url para ele.
digamos que você tenha uma página http://www.mypage.com e seus arquivos pdf são armazenados em http://www.mypage.com/pdf/
você tem um arquivo pdf armazenado lá chamado file_DBid_83.pdf
quando você faz uma consulta mysql para abrir esse arquivo, sua consulta retorna $row['id'] que é 83 por exemplo
então para abrir o arquivo você vai
header('Content-type: application/pdf');
echo "/pdf/file_DBid_" . $row['id'] . ".pdf";
