Muitas, muitas coisas podem causar este erro . Na minha experiência, geralmente é um arquivo SQL de mais de 1 MB, ou seja, o wait_timeout em seus servidores my.cnf está definido muito baixo (sessenta segundos) precisa ser ajustado corretamente. Ao implantar o my.cnf, tente um wait_timeout 86400 e um max_allowed_packet de "suficiente" para importar esse arquivo.
Por exemplo:
[mysqld]
wait_timeout = 86400
max_allowed_packet = 1GB
PS. Eu não recomendaria essa alta de parâmetros na produção real.
