Seu banco de dados, programa e a conexão têm uma codificação.
Certifique-se de que sua conexão usa a mesma codificação que seu banco de dados
ch<-odbcConnect("mydb",DBMSencoding="UTF-8");
Isso também foi discutido em esta pergunta aqui .
ch<-odbcConnect("mydb",DBMSencoding="UTF-8");
