Mysql
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JDBC não está executando o comando SHOW DATABASES


Essa não é a melhor maneira de obter uma lista de bancos de dados em JDBC. Aqui está a maneira como é feito - usando MetaData 
Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
Connection con = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://localhost/:3306","root","password");
DatabaseMetaData meta = con.getMetaData();
ResultSet resultSet = meta.getCatalogs();
while (resultSet.next()) {
   String db = resultSet.getString("TABLE_CAT");
   model.addRow(new Object[] {db});
}
resultSet.close();
con.close();

Veja também:como obter a lista de nomes de "Schema" de bancos de dados do MySql usando java JDBC