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Defina um cron job para atualizar as informações do artigo dependendo de seus valores de voto

select sum(vt.vote_value), vt.item_name
from Votes vt
join stories st on st.id = vt.item_name
and st.showing = 0
group by vt.item_name

Isso deve fornecer todos os artigos com 0 e valor total de votos. Depois disso, você pode processá-los linha por linha e atualizar a votação, se necessário.

Adicionado:Eu não sou um programador PHP, eu faço principalmente PERL, mas acho que deve ser algo assim:
<?php 
    $query = "select sum(vt.vote_value) as vote_value, vt.item_name from Votes vt join stories st on st.id = vt.item_name and st.showing = 0 group by vt.item_name";
    $result = mysql_query($query); 
    while($row = mysql_fetch_array($result))
    {
        if($row['vote_value'] > 9) {
            $showing = 1;
        }
        else if($row['vote_value'] < -9) {
            $showing = 2;
        }
        else {
            $showing = 0;
        }
        $query2 = "UPDATE `stories` SET `showing` = $showing WHERE `id` = '".$row['item_name']."'";
        mysql_query($query2); 
    }
?>