Além dos comentários, encontrei outro motivo que pode causar o problema, que nenhum esquema está listado:



Eu me deparo com isso ao tentar me conectar a outro banco de dados com outros esquemas do que antes.

Vá para Projeto -> Propriedades -> JPA e desative/desmarque Substituir esquema padrão da conexão



Se houver um esquema selecionado que não existe no banco de dados selecionado, nenhum esquema será mostrado ao criar entidades. Para mim, o problema era que o Eclipse estava tentando mostrar um esquema do banco de dados antes.