Existem algumas razões que eu posso pensar para explicar isso:
- O Python precisa ser iniciado, enquanto você já tem o workbench em execução.
- O Python precisa carregar seu programa, enquanto o workbench não.
- O Python precisa abrir uma conexão com o banco de dados, enquanto o workbench (suponho) já tem uma.
Para resolver isso, tente usar o módulo python timeit (ou faça o tempo manual) e inclua apenas os comandos execute/fetchall.
