Use DefaultMutableTreeNode para criar seus nós

Faça um mapa de IDs para nós - conforme você obtém seus nós do banco de dados, armazene-os no mapa com o id como sua chave.

Depois de ter todos os seus nós, passe por eles mais uma vez e combine seus IDs pai, recuperando-os do mapa.

Supondo que sua árvore seja estruturalmente sólida no banco de dados, ela será sólida aqui. Escolha qualquer nó e siga a cadeia pai até a raiz.

Com o objeto raiz, você pode criar seu JTree. :)