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sequelize tabela sem coluna 'id'


Se você não definir uma primaryKey então sequelize usa id por padrão.

Se você quiser definir o seu próprio, basta usar primaryKey: true na sua coluna. 
AcademyModule = sequelize.define('academy_module', {
    academy_id: {
        type: DataTypes.INTEGER,
        primaryKey: true
    },
    module_id: DataTypes.INTEGER,
    module_module_type_id: DataTypes.INTEGER,
    sort_number: DataTypes.INTEGER,
    requirements_id: DataTypes.INTEGER
}, {
    freezeTableName: true
});