Consulta no modelo que tem EmbedsMany A relação incluirá instância(s) do modelo de detalhe relacionado no resultado. Isso ocorre porque o modelo filho será persistido em um campo da tabela mestra, em forma de documento, caso você esteja usando banco de dados SQL.

HasMany armazena o id do modelo relacionado e cabe a você incluir a instância do modelo relacionado ou não em sua consulta. Neste caso, os dados mestre e de detalhes serão armazenados em tabelas separadas.

O que é melhor usar realmente depende de você e de suas necessidades.