Definir a codificação da conexão entre PHP e MySQL é tarefa do PHP; Eu não acho que a configuração do MySQL afetará isso.

Eu realmente recomendo manter algum código no aplicativo para definir o conjunto de caracteres de conexão como UTF-8. O aplicativo precisa garantir que a codificação seja UTF-8, porque presumivelmente informará aos navegadores da Web que suas páginas são UTF-8 e, se elas não corresponderem, você terá problemas.

Como já é parte da responsabilidade do aplicativo decidir o conjunto de caracteres, você também pode fazer com que o aplicativo especifique o conjunto de caracteres de conexão do banco de dados, em vez de deixá-lo como um problema de implantação e mais uma coisa a errar ao instalar o aplicativo em um novo servidor.

No entanto, eu pessoalmente usaria mysql_set_charset para fazer isso em vez de SET NAMES .

Da mesma forma, se o aplicativo tiver código para criar o esquema, certifique-se de que o código diga ao MySQL para fazer as tabelas UTF-8, em vez de deixá-lo com as configurações padrão do banco de dados e dar a você outro problema de implantação para se preocupar.