O segundo não funciona, porque você está usando três espaços reservados dentro da string de consulta e fornece apenas uma variável para interpolação.
updateIndexMySQLQuery = """UPDATE %s
SET numberID=%%s WHERE numberID=%%s;""" % (tableName,)
Dessa forma, o mecanismo de formatação de strings não espera que você forneça 3 valores, pois os sinais de porcentagem são "escapados" (que vergonha para a primeira versão da resposta).
