Eu tive esse problema e fiz uma pesquisa no google encontrando este post (mais de um ano depois) Eu também estou em um host compartilhado e estava puxando meu cabelo sobre as palavras de parada definidas no mysql. Encontrei uma solução alternativa que tem funcionado perfeitamente para mim, espero que possa ser útil para outras pessoas também.

Você também pode usar o REGEXP comando para corresponder a um termo de pesquisa em sua tabela.

SELECT * FROM table WHERE column REGEXP 'searchterm'

Como eu implemento é primeiro fazendo o MATCH AGAINST sintaxe, se a contagem =0 eu faço o REGEXP em vez disso, dando aos meus usuários mais resultados. Melhor do que nenhum resultado devido a palavras de parada e comprimentos mínimos.