Caracteres Unicode de 4 bytes ainda não são amplamente usados, portanto, nem todos os aplicativos os suportam totalmente. O MySQL 5.5 funciona bem com caracteres de 4 bytes quando configurado corretamente – verifique se seus outros componentes também podem funcionar com eles.

Aqui estão algumas outras coisas para verificar:

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  Certifique-se de que todos os conjuntos de caracteres e campos de texto padrão de suas tabelas sejam convertidos para utf8mb4, além de definir os conjuntos de caracteres de cliente e servidor, por exemplo, ALTER TABLE mytable charset=utf8mb4, MODIFY COLUMN textfield1 VARCHAR(255) CHARACTER SET utf8mb4,MODIFY COLUMN textfield2 VARCHAR(255) CHARACTER SET utf8mb4; e assim por diante.
  
  Se seus dados já estiverem no conjunto de caracteres utf8, eles devem ser convertidos para utf8mb4 no local sem problemas. Como sempre, faça backup de seus dados antes de tentar!
  
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  Certifique-se também de que sua camada de aplicativo defina o conjunto de caracteres de suas conexões de banco de dados como utf8mb4. Verifique novamente se isso está realmente acontecendo - se você estiver executando uma versão mais antiga da biblioteca cliente mysql do framework escolhido, ela pode não ter sido compilada com suporte a utf8mb4 e não definirá o charset corretamente. Caso contrário, talvez seja necessário atualizá-lo ou compilá-lo você mesmo.
  
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  Ao visualizar seus dados através do cliente mysql, verifique se você está em uma máquina que pode exibir emoji e execute um SET NAMES utf8mb4 antes de executar qualquer consulta.
  

Uma vez que cada nível do seu aplicativo possa suportar os novos caracteres, você poderá usá-los sem qualquer corrupção.