Basicamente, você pode criar uma função de manipulador para suas consultas do MySQL, como:
$mysql_queries_count = 0;
$mysql_queries_time = 0;
function _mysql_query($query) {
global $mysql_queries_count, $mysql_queries_time;
$start = microtime(true);
$result = mysql_query($query);
$mysql_queries_time += microtime(true) - $start;
$mysql_queries_count++;
return $result;
}
Fazendo isso, você terá que substituir todos os arquivos
mysql_query( em seu código com _mysql_query( , que é facilmente realizável na maioria dos editores de texto. 
