Use c3p0 para piscina, é usado pronto para uso em produção
Use este parâmetro (você pode modificar para otimizar), que manterá sua conexão ativa
<property name="hibernate.c3p0.timeout">1800</property>
<property name="hibernate.c3p0.idle_test_period">100</property>
EDITVocê também pode aumentar o limite de 8 horas abaixo do parâmetro
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/server-system-variables.html#sysvar_wait_timeout
