Tente isto:

Use a função implodir,

$colors =implode(",", $_GET['color']);

$size =implode(",", $_GET['size']);

$forma =implodir(",", $_GET['forma']);

Consulta:

selecione * da tabela onde cor em ($colors) ou tamanho em ($size) ou forma em ($shape);

Você precisa adicionar condição para marcar Incluir tudo. (se o usuário verificar, selecione todas as variáveis ​​e inclua todos os valores de verificação)