Ambos wait_timeout e interactive_timeout é o tempo de inatividade antes da queda da conexão. Portanto, a conexão deve estar ociosa (não executando uma consulta) antes de ser descartada. MySQL SLEEP() não conta, pois você está executando uma consulta.

Você terá que matar manualmente as consultas de longa duração (não há configuração para que o MySQL faça isso por você). Você pode escrever isso. Use SHOW PROCESSLIST (ou ferramentas externas como Innotop ) e KILL .