Aqui está como eu fiz (MySQL 5.0.45):
ALTER TABLE `job_dependency`
ADD FOREIGN KEY (`job`) REFERENCES `job` (`id`),
ADD FOREIGN KEY (`dependency`) REFERENCES `job` (`id`);
Existem problemas com ON DELETE CASCADE nesta situação, então não o use.
ALTER TABLE `job_dependency`
ADD FOREIGN KEY (`job`) REFERENCES `job` (`id`),
ADD FOREIGN KEY (`dependency`) REFERENCES `job` (`id`);