Se os dados estiverem na pasta correta, eles ficarão visíveis no MySQL ou você receberá erros quando o servidor for iniciado. Verifique /var/log/messages e seu log de erros do MySQL (conforme definido em sua configuração).

Se você não receber nenhum erro e não conseguir ver os dados, é provável que o caminho de dados em my.cnf está apontando para uma pasta diferente.