Então, o lugar onde você quer procurar boas soluções para problemas do MySQL é Mysql Performance Blog/Percona . Especificamente, o que você quer fazer é usar o XtraBackup , que corrige vários problemas que ocorrem com o hot backup do InnoDBs. Você seria bem servido para usar seu servidor corrigido com sua substituição InnoDB XtraDB .

Eles integram vários patches de terceiros para MySQL, incluindo os próprios e do Google, e aprimoraram o mecanismo de armazenamento InnoDB com correções, aprimoramentos e melhor registro. Além disso, a Percona patrocina uma fantástica caixa de ferramentas para MySQL chamada Maatkit , que fornece alguns componentes para ajudá-lo com backups e verificações de integridade.